a) Lãnh đạo Cục:

- Cục trưởng;

- Các Phó Cục trưởng. Số lượng Phó Cục trưởng thực hiện theo quy định của pháp luật và của Bộ.

Cục trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng và trước pháp luật về việc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao của Cục.

Các Phó Cục trưởng giúp Cục trưởng quản lý, điều hành hoạt động của Cục; được Cục trưởng phân công trực tiếp quản lý, chỉ đạo một số lĩnh vực, nhiệm vụ công tác; chịu trách nhiệm trước Cục trưởng và trước pháp luật về những lĩnh vực công tác được phân công.

b) Các tổ chức thuộc Cục:

- Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối Kinh tế tổng hợp;

- Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối Kinh tế ngành;

- Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối Nội chính và Tổng hợp;

- Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính khối Khoa giáo - Văn xã.

Việc thành lập, tổ chức lại, giải thể các tổ chức thuộc Cục do Bộ trưởng quyết định trên cơ sở đề nghị của Cục trưởng Cục Kiểm soát thủ tục hành chính và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ.

Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác giữa các tổ chức thuộc Cục do Cục trưởng quy định.